西奥博尔德将军和其他许多军官—样，曾经怀疑美军情报部门所提供的情报也许是中了日军的奸计。日军是不是佯攻阿留申群岛的西部岛屿，企图把美军从比较重要的荷兰港及科尔德湾诱开？西奥博尔德对此甚为担心。因此，他决定集中兵力保卫上述要地。西奥博尔德的水面舰艇部队几乎从来不到岸基飞机和水上飞机的活动半径外去作战。美军最西面的基地设在乌姆纳克岛的沃特角。这样，美军的特混部队就绝无机会与日本舰队交战了。
西奥博尔德将军命令主力部队(巡洋舰5艘、驱逐舰4艘)在科迪亚克岛以南海里处会合。最后一批军舰直到日本舰队袭击荷兰港数小时后，即6月3日上午才到达会合点。他把一支驱逐舰部队(9艘)留在乌纳拉斯卡岛的马库欣湾，以便击退日军在荷兰港一带的登陆。可是，只有在战机有利时，才能使用这支部队。所以，防御的主要任务就由航空兵来承担了。但是，飞机太少，海军仅有进行侦察的20架PBY型水上飞机。陆军约有65架战斗机，但其中有40架左右根据陆军的需要配置在科尔德湾和乌姆纳克岛。航空兵的主要突击兵力是20架B-26型陆军轰炸机，分别配置在科迪亚克岛、科尔德湾及乌姆纳克岛。
为能早期发现来犯的日本舰队，并及时出警报，西奥博尔德将6艘潜艇配置在敌人最可能来袭的海域，将20艘巡逻艇配置在荷兰港以南和白令海方向约海里的海域。各接近处均有PBY水上飞机进行巡逻，但缺少装备雷达的水上飞机巡逻的最大距离只有海里。
尽管如此，从西南偏南方向来袭的角田部队(2艘航空母舰)，还是未被美军的潜艇、巡逻艇和飞机发现。6月3日1时刚过，高纬度的阿拉斯加地区已是拂晓，角田将军在荷兰港的南约海里处，令36架舰载机起飞。当时天气不好，使角田海军少将得以避开美军队巡逻。但是，这对美军也有好处，如“隼鹰”号的舰载机因晨雾弥漫而偏离航向，没有发现目标就返回了航空母舰。可是，“龙骧”号的突击机群穿过云隙，空袭了荷兰港。这次空袭来得十分突然，给美方造成极大损失，而日军仅损失2架飞机。
日突击机群在返航途中，发现停泊在马库欣湾的5艘美国驱逐舰。角田立即命令另一突击机群起飞，但因天气越来越坏，飞机无法编队飞行。美军从沃特角基地起飞应战的P-40型飞机，击落日机2架。日军飞机未能飞抵马库欣湾。
日军袭击荷兰港后，美军的巡逻机几乎全部出动去搜索日本航空母舰编队，但是没有发现目标。其原因之一是美军以为日军的袭击来自白令海方向。另一个原因是角田部队袭击马库欣湾的企图落空后，已向西南方向撤离。尔后，角田准备前去袭击阿达克岛，但因该地天气不良，不得不放弃这一企图，转而对荷兰港实施第二次袭击。
6月4日4时50分，当一架PBY型水上飞机向西奥博尔德报告角田部队的位置时，角田已令舰载机飞向荷兰港。此后，美机与日军的战斗接触断断续续，美军以少量飞机多次袭击日军。但是，不论装有鱼雷的PBY型飞机，还是B-26型、B-17型飞机，均不适于用来袭击舰艇。虽然飞行员们极其勇敢，但是除有几颗近失弹外，均未击中目标。美机损失3架，三种型号的飞机各损失1架。
16时许，在美军再次发起攻击之前，角田派出的突击机群已经飞临荷兰港上空。日突击机群经过30分钟的轰炸，使美军储存20桶汽油的新油罐起火，“西北”号旧式救生船被炸伤搁浅，一个飞机库和一个仓库被炸毁。后来，“隼鹰”号上的舰载机在乌纳拉斯卡岛西部上空会合肘，又发现了沃特角的陆军隐蔽机场。但这时美战斗机已升空，日机被击落4架。
这时已有迹象表明，日军在中途岛附近的作战，还不如阿留申群岛方面进展得顺利。角田刚令其突击机群离舰，就接到山本的命令，要他速与机动编队会合。几乎与此同时，山本又通知他，中途岛作战和对阿留申群岛作战延期实施。角田部队用了两个多小时将飞机收回后，转向南下，前去与南云部队会合。但是，山本在幕僚们的再三建议下，这时又改变了决心，同意阿留申登陆部队按原定计划执行。然而，北方部队指挥官细萱海军中将将作战计划作了一些改动，决定不在阿达克岛登陆。因为新发现的沃特角美军机场离阿达克岛仅有海里。所以他认为在阿达克岛登陆太冒险了。
6月6日中午刚过，日海军特别登陆队约人登上了基斯卡岛，俘虏了美国一个小气象站的工作人员。翌日拂晓，日陆军部队约1人在阿图岛登陆，拘留了39名阿留申人和一名美国传教徒及其妻子。直到6月10日，美军巡逻机才发现这两个岛上的日军。